А вообще в мортале хоть как-то объясняется нерф таких персонажей?

Зачем?

Ну вот например обычный человек Джонни Кейдж бьет лицо Омнимену кулаками. А как?

Обычным людям/киборгам и в ванильном ростере ничего не мешает разбивать ебала богам и персонализации времени.
В старом каноне, в прочем, было такое объяснение, что там в принципе всех персонажей уравнивают законами Турнира + отключает бессмертие, так как Турнир создавался для разборок богов по-пацански, без божестенного всесилия, чисто на кулаках и немного магией, для спецэффектов. И поэтому Mortal Kombat это типа на самом деле не "Смертельная битва", а "Битва Смертности".
Но уже хуй знает с какой части, Турнира давно нет, чисто война без всяких контрактов и договоренностей.