Нуууу, вообще там все не так однозначно. Рандомные крестьяни не могли быть ниндзя, кланы очень замкнуты и часто жили тупо за счет внутренних "ресурсов"
Но бывали случали попадания ронинов в клан...что как бы немного опровергает ненависть ниндзь к самураям...
Да и какая еще ненависть у наемников? Что Самураи что Ниндзи работали на правительство, за деньги/права/честь и т.д.
Так же в практике ниндзитцу ОЧЕНЬ многое взято из самурайских техник.

Ниндзи были обычные наемники теневого фронта, шпионаж, убийства, диверсии и т.д.